Pierwsze autobusy na ulicach Torunia pojawiły się 16 listopada 1924 roku. Były to cztery pojazdy marki Ford kursujące pomiędzy Dworcem Toruń Miasto a Dworcem Toruń Przedmieście (Główny). Rok później autobusy dojeżdżały do Podgórza i Jakubskiego Przedmieścia.

Z uwagi na nierentowność komunikacja autobusowa została zawieszona już po kilkunastu miesiącach od uruchomienia. Wznowienie ruchu autobusowego nastąpiło w 1940 roku, kiedy okupant, nie mogąc odbudować zniszczonej linii tramwajowej przez most drogowy do Dworca Głównego, zakupił 9 nowych autobusów marki Gräf Stift i 11 przyczepek. Autobusy te początkowo napędzane były benzyną, później przystosowano je na napęd ropny, a ostatecznie na gaz świetlny i drewno.

Pod koniec 1945 roku tabor autobusowy prawie w ogóle nie istniał. Część wozów zabrał okupant, a resztę zdekompletował. Pierwszy autobus po wojnie został uruchomiony 9 lutego 1946 roku tworząc komunikację z Dworcem Głównym. Drugi autobus został oddany do eksploatacji 1 sierpnia i jeździł tą samą trasą, tylko że w nocy. 4 listopada został uruchomiony trzeci autobus, który kursował na linii łączącej Plac Rapackiego z dzielnicą Podgórz. Były to autobusy montowane z części wozów pozostałych po wojnie.

Taki stan istniał do 1952 roku, kiedy do eksploatacji wprowadzono pierwszy nowy autobus Ikarus 30. Ponieważ była to kropla w morzu potrzeb, w 1953 roku zostały sprowadzone autobusy z tzw. "upłynnienia" marki Magirus oraz Mavag z Katowic. Ich eksploatacja była jednak krótkotrwała. Od 1955 roku następowała stopniowa poprawa stanu taboru autobusowego. Na ulicach pojawiły się autobusy krajowej produkcji typu Star-52. Pod koniec 1958 roku dysponowano czternastoma autobusami, które obsługiwały linie łączące Podgórz, Rudak i Bielany. Ruch autobusowy odbywał się zatem zasadniczo na trzech liniach:

Rozwojowi komunikacji autobusowej nie sprzyjał stan tras komunikacyjnych. Brakowało tras przelotowych i bezkolizyjnych skrzyżowań. Większość ulic była wąska i nie pozwalała na przejazdy autobusów.

Lata 1945-1960 to pasmo ciągłych inwestycji, remontów, napraw i przeprowadzanych zmian technicznych. Kolejne lata to stopniowy rozwój komunikacji miejskiej zarówno autobusowej, jak i tramwajowej. Przyczynia się do tego rozwój miasta i w związku z tym zwiększenie zapotrzebowania na przewozy. W ślad za tym następuje zwiększenie taboru i linii. W latach 60-ytch pasażerów przewoziły autobusy marki San (różne typy) i Jelcz. Do połowy lat 70. liczba linii wzrosła do ośmiu, otrzymując kolejno numerację: nr 13 Czerniewice - Osiedle Młodych, nr 14 Chrobrego - Okólna, nr 15 Okrężna - Rubinkowo, nr 16 Wrzosy (Bielany) - Rubinkowo I i II, nr 17 Okrężna - Zjednoczenia.

Jedynym znacznym utrudnieniem w tym okresie był brak odpowiedniego miejsca postojowego, jak również naprawczego dla autobusów. Pojazdy stacjonowały i były remontowane na terenie zajezdni tramwajowej. Wybudowany w 1949 roku garaż dawno już nie zaspokajał potrzeb. Na początku lat 70. zamknięto fragment ulicy Bema w celu zorganizowania prowizorycznego placu postojowego dla autobusów. Później podobnie uczyniono z placem obok stadionu żużlowego. Poważna zmiana nastąpiła we wrześniu 1976 roku, kiedy oddano do użytku zajezdnię autobusową wraz z zapleczem technicznym przy ulicy Legionów. Zajezdnia po modernizacjach przeprowadzonych w latach 1983 i 1984 wykorzystywana jest do dnia dzisiejszego.

Na dynamikę rozwoju komunikacji autobusowej znaczny wpływ miała także zwiększająca się liczba dróg i osiedli, a zwłaszcza rozbudowa Rubinkowa. Uruchomiono kolejne linie: nr 18 Reja - Towimor, nr 19 Plac - Teatralny Rubinkowo I i II, nr 20 Metalzbyt - Rubinkowo I i II, nr 21 Rubinkowo II - Elektrociepłownia, nr 22 osiedle Na Skarpie - Dworzec Główny, nr 23 Plac Św. Katarzyny - Złotoria, nr 24 Dworzec Wschodni - Grębocin, nr 24 bis Dworzec Wschodni - Papowo, nr 25 Dworzec Wschodni - Rogówko, oraz linie nocne: nr 31 Kluczyki - Rubinkowo II, nr 32 Okrężna - osiedle Na Skarpie, nr 33 Wrzosy I - Dworzec Główny,

Wraz ze wzrostem liczby linii autobusowych wzrastała liczba pasażerów, w wyniku czego w 1977 roku odnotowano ponad 50% udział przewozów autobusowych w całości przewozów. Jednocześnie nastąpiło zwiększenie liczby autobusów. W 1976 roku na ulicach Torunia pojawiły się autobusy marki Autosan (9-35), a dwa lata później pierwsze egzemplarze Jelczy na licencji Berlieta - typ PR 110.

W kolejnych latach w systemie komunikacji autobusowej wprowadzano zmiany poprzez wydłużanie istniejących połączeń, poprawianie jakości obsługi i uruchamianie nowych linii. Od 1984 roku po Toruniu jeździły tylko Jelcze PR 110. Taki stan istniał osiem lat, kiedy to w 1992 roku wyjechał na ulice kolejny typ Jelcza - 120M posiadający turbodoładowane silniki. Rok później zakupiono dwa autobusy o małej pojemności (autosan H-6-20) służące do obsługi linii o małym natężeniu ruchu, głównie na trasie osiedle Brzezina - plac Teatralny.

W celu przystosowania komunikacji autobusowej dla potrzeb osób niepełnosprawnych zakupiono 10 pojazdów ze specjalnymi windami przeznaczonymi do transportu pasażerów na wózkach inwalidzkich oraz dwa autobusy z częściowo obniżoną podłogą typu Jelcz 121M z ekologicznym silnikiem i automatyczną skrzynią biegów. Od 1999 roku w celu ograniczenia niekorzystnego wpływu autobusów na stan środowiska, na ulicach Torunia pojawił się autobus Jelcz 120M/3 z silnikiem ekologicznym polskiej produkcji - Wytwórni Silników "PZL - Mielec". W 2000 roku zakupiono dodatkowe trzy "małe" Jelcze M081 MBEDJ na podwoziu Mercedes-Benz Vario 814D oraz siedem sztuk Jelczy typu M120/3.

W roku 2003 zakupiono pierwsze 3 autobusy marki MAN NL 283, w 2004 kolejne cztery i w 2005 - 8 sztuk.

Aby usprawnić informację pasażerską od roku 1997 autobusy wyposażone są w duże czytelne tablice informujące nie tylko o numerze linii i kierunku, w którym jedzie autobus, ale również (na tablicy wewnątrz pojazdu) o trasie przejazdu oraz o obecnym i następnym przystanku.

Od roku 2004 w celu zwiększenia bezpieczeństwa w autobusach montuje się system monitoringu, a od roku 2005 pojawiły się pierwsze audiowizualne zestawy wyświetlające pasażerom spoty reklamowe oraz istotne informacje.

W roku 2006 zakupiono w ramach projektu o nazwie „Odnowa infrastruktury transportu publicznego w Toruniu w latach 2005-2006” 10 autobusów niskopodłogowych MAN Lion City z klimatyzacją kabiny kierowcy. W tym samym roku dokupiono kolejnego MAN-a z całkowitą klimatyzacją przedziału pasażerskiego.

Rok 2007 to nowy rozdział w historii toruńskich autobusów. Zakład wzbogacił się o kolejnych 9 MAN-ów Lion City wyposażonych w automaty do sprzedaży biletów jednorazowych.

Po przekształceniu w 2012 r. miejskiego zakładu w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością nastąpił dalszy rozwój taboru autobusowego. W 2015 r. na ulicach Torunia pojawił się pierwszy autobus o napędzie hybrydowym. Był to pojazd marki Solaris, posiadający 31 miejsc siedzących i 59 stojących. Wówczas z dużym zainteresowaniem przyjęto deklarację producenta, iż wysokoprężny silnik spalinowy i elektryczny pozwala na zredukowanie zużycia paliwa o 30%.

W 2018 r. codziennie ponad 120 autobusami MZK obsługiwano 38 linii autobusowych i 3 nocne, o łącznej długości blisko 500 km. W tym samym roku dokonano również największego w historii przedsiębiorstwa zakupu nowych autobusów: 21 Solarisów z silnikiem wysokoprężnym oraz 14 MAN-ów z napędem hybrydowym. Wówczas stan posiadania zwiększył się do 163 wozów: 48 Jelczy, 38 MAN-ów, 65 Solarisów oraz 5 Ursusów.

W ramach realizacji projektu „Przebudowa układu torowo- drogowego w ul. Wały gen. Sikorskiego i al. Jana Pawła II wraz z budową pasa tramwajowo-autobusowego w Toruniu- BiT-City II” – w lutym 2021 uruchomiono węzeł przesiadkowy w alei św. Jana Pawła II, integrujący transport autobusowy z tramwajowym. Pasażerowie mogą zmieniać środki transportu publicznego w ramach jednej platformy przesiadkowej, odpowiadającej nowoczesnym standardom urządzeń dla obsługi pasażerów. Miasto za pośrednictwem MZK kupiło także osiem nowych autobusów marki Solaris. Są wygodne, bezpieczne, niskopodłogowe, klimatyzowane.

W 2021 r. zakończyła się też budowa nowej stacji transformatorowej na terenie zajezdni autobusowej MZK przy ul. Legionów. Służy ona do zasilania zajezdni, ładowarek autobusów elektrycznych oraz sieci trakcyjnej nowo budowanej linii tramwajowej do tzw. osiedla Jar.

Rok 2022 r. to kolejny przełom w komunikacji autobusowej – w ramach projektu BiT_City II do Torunia trafiło pierwszych sześć autobusów elektrycznych marki Solaris, wraz z infrastrukturą do ich ładowania. Ponadto tabor wzbogacił się również o cztery pojazdy na olej napędowy, z silnikami spełniającymi najwyższe normy EURO 6.  W 2023 r. dotarły 4 kolejne autobusy elektryczne.

Nowe autobusy pozwoliły na wycofanie z użytku ostatnich wysłużonych Jelczy. Pożegnanie starej epoki i powitanie nowej uświetniono 11 czerwca 2022 r. imprezą Jelczem pod prąd, w ramach której odbyła się parada starych i nowych autobusów, rodzinny festyn na Błoniach Nadwiślańskich. Wycofane z użytku Jelcze miasto postanowiło przekazać do ogarniętej wojną Ukrainy, do naszego partnerskiego miasta Łucka.

16 sierpnia 1890 roku została zawarta umowa między ówczesnym niemieckim zarządem twierdzy Toruń a prywatną firmą Havestadt Contag w Berlinie na ułożenie toru o prześwicie 1000 mm i eksploatowanie tramwaju konnego w mieście na trasie Bydgoskie Przedmieście - Dworzec Toruń Miasto. Tramwaje ciągnięte przez konie wyjechały na ulice Torunia już 16 maja 1891 roku. Zajezdnia tramwajowa, mieszcząca się do dnia dzisiejszego przy ulicy Sienkiewicza, wyposażona została w warsztaty do konserwacji i remontu wozów oraz w stajnie dla koni. Przedsiębiorstwo posiadało wówczas 27 koni, 6 wozów zamkniętych, 7 otwartych i 2 otwarte omnibusy. Personel zakładu komunikacji składał się wówczas z 20 osób: inspektora ruchu, kowala podkuwacza, pomocnika podkuwacza, 6 konduktorów, 6 woźniców, głównego stajennego, 2 zwykłych stajennych, nocnego robotnika i dróżnika.

Pierwsze tramwaje elektryczne wyruszyły na wyżej wspomnianej linii 1 lutego 1899 roku. 21 grudnia 1901 roku koncesję na eksploatację tramwajów elektrycznych przejęły Zakłady Elektryczne (Elektrizitätswerke Thorn) Miasta Torunia.

Od momentu elektryfikacji sieci nastąpiła stopniowa rozbudowa linii tramwajowych. Pod koniec 1902 roku uruchomiono drugą linię na Mokre, a cztery lata później wybudowano pętlę obwodową od ulicy Sienkiewicza - Mickiewicza - Reja - Bydgoską do Sienkiewicza. Dalsze wydłużenie sieci nastąpiło 23 października 1907 roku, kiedy otworzono trzecią linię Ratusz - Chełmińskie Przedmieście (do skrzyżowania z ulicą Grunwaldzką).

Wraz ze stopniową rozbudową nowych linii tramwajowych w mieście nastąpiło powiększanie taboru oraz rozbudowa zajezdni. W latach 1914-1915 zajezdnia posiadała 4 kanały robocze i jeden tor postojowy, które mogły pomieścić 30 wozów oraz warsztaty ślusarskie, kuźnię, stalownię, szatnię, umywalnię i biuro mistrza. W chwili uruchomienia trakcji elektrycznej dysponowano 5 wozami silnikowymi oraz kilkoma wozami przyczepnymi przerobionymi częściowo z trakcji konnej. W 1908 roku liczba wozów silnikowych wzrosła do 15 sztuk, przybyły też 3 wozy przyczepne. Kolejne uzupełnienie taboru nastąpiło w 1915 roku, zakupiono wówczas 4 wozy silnikowe i 6 wozów otwartych przyczepnych. Dalsze 4 wozy silnikowe otrzymano w 1916 roku. Powyższy stan utrzymywał się do połowy lat dwudziestych. 23 czerwca 1917 roku przedłużono linię na osiedle Mokre, doprowadzając tory do dworca kolejowego Toruń Wschodni. Od tego czasu coraz mniej starań i środków angażowano w utrzymanie torowisk, a stan taboru pogarszał się. W dniu przejęcia Torunia przez władze polskie większość wozów pod względem eksploatacyjnym była w opłakanym stanie i z tego powodu w 1921 roku trzeba było na trzy miesiące wstrzymać komunikację miejską. Nowe inwestycje poczyniono dopiero w 1926 roku, zakupując 4 wozy silnikowe z firmy Siemens-Schuckert Werke z Hamburga. Kolejne 2 wozy sprowadzone zostały w 1929 roku z Fabryki Wagonów Zieleniewskiego w Sanoku. W 1935 roku zakupiono 2 wozy (bez silników) z Fabryki Wagonów w Gdańsku. Silniki nabyto zaś w poznańskiej Miejskiej Kolei Elektrycznej.

W 1935 roku Przedsiębiorstwo Tramwaje Miejskie w Toruniu posiadało 19 wozów silnikowych i 18 wozów przyczepnych, z których większość była w eksploatacji przez kilkadziesiąt lat (m. in. 3 wozy z 1906 roku). Po latach zastoju pierwsze prace nad rozbudową i modernizacją linii rozpoczęto na wiosnę 1927 roku. Ułożono wówczas dwutorową linię na ul. Chopina, łączącą tory z ul. Bydgoskiej z torami na placu Bankowym i rozebrano niepotrzebne już tory przy tzw. "Grzybie". W tym samym roku przedłużono także linię tramwajową od ulicy Grunwaldzkiej do wylotu ul. Wybickiego.

W związku z budową mostu drogowego przez Wisłę wyłoniła się kwestia połączenia komunikacyjnego m.in. tramwajowego dworca Toruń Przedmieście (Toruń Główny) z prawobrzeżnym Toruniem. W połowie lipca 1933 roku przystąpiono do budowy linii tramwajowej, którą oddano do eksploatacji już po trzech miesiącach. Całkowite ukończenie prac przy moście drogowym oraz udostępnienie go do ruchu kołowego i pieszego nastąpiło oficjalnie 11 listopada 1934 roku.

W latach międzywojennych do 1934 roku ruch tramwajowy w mieście odbywał się na trzech liniach: linia nr 1: Bydgoskie Przedmieście – Dworzec Miasto, linia nr 2: Ratusz - Dworzec Mokre (obecnie Dworzec Wschodni), linia nr 3: Ratusz - Chełmińskie Przedmieście. W 1934 roku uruchomiono linię nr 4 na trasie plac Bankowy – Dworzec Toruń Przedmieście (obecnie Toruń Główny) prowadzącą przez most drogowy. We wrześniu 1934 roku przystąpiono do budowy jednotorowej linii tramwajowej na Jakubskie Przedmieście. Linia ta biegła na wydzielonym torowisku od placu 18 Stycznia (przy Dworcu Toruń Miasto) przez nowo budowaną wówczas ul. Traugutta do ul. Targowej. Uruchomienie komunikacji na tej linii nastąpiło 22 marca 1935 roku. Po zakończeniu prac przy budowie linii na Jakubskie Przedmieście przystąpiono do układania dwutorowej linii od placu Bankowego i dalej wzdłuż alei 700-lecia do Wałów Gen. Sikorskiego. Równolegle prowadzono też prace przy ułożeniu dwutorowej linii do wylotu ul. Chopina wzdłuż placu Bankowego przez nowo przebite przejście pod kamieniczkami przy ul. Piekary i Różanej do Rynku Staromiejskiego. Pierwszy tramwaj pod Łukiem Cezara przejechał 24 września 1936 roku.

Pod koniec pierwszego kwartału 1939 roku ogólna długość torów tramwajowych w mieście wynosiła 19,5 km, z czego dla ruchu pasażerskiego wykorzystywano 17 km (w tym 10,4 km torów pojedynczych i 3,3 km torów podwójnych). Pozostałe 2,5 km stanowiły tory dojazdowe do zajezdni, w zajezdni i pomocniczo-gospodarcze.

W latach 1935-1937, po przebudowie i ułożeniu torów na placu Bankowym, wybudowaniu przejazdu pod Łukiem Cezara, przebudowie torów na placu Teatralnym oraz wybudowaniu linii na Jakubskie Przedmieście, nastąpiły zmiany w ruchu tramwajowym. Linię nr 3 skierowano do Dworca Przedmieście (Toruń Główny) oraz uruchomiono linię nr 5 z Bydgoskiego Przedmieścia na Jakubskie Przedmieście. Taki stan przetrwał do wybuchu drugiej wojny światowej.

Podczas działań wojennych, na skutek wysadzenia mostu drogowego, nie funkcjonowała linia plac Rapackiego – Dworzec Toruń Główny. Dopiero po wybudowaniu przez okupanta mostu drewnianego linię tę zastąpiono komunikacją autobusową, która łączyła Śródmieście z Dworcem Głównym do 1950 roku. W czasie wojny Niemcy, chcąc uzupełnić zniszczony tabor, sprowadzili 6 wozów silnikowych z Hagi w Holandii.

Po 1945 roku przez długi czas trzeba było odtwarzać tabor, naprawiać torowiska i sieć. Ruch tramwajowy wznowiono 1 maja 1945 roku. 23 maja w prasie ukazała się wiadomość o uruchomieniu następujących linii tramwajowych: linia nr 1 Bydgoskie Przedmieście - Dworzec Miejski, linia nr 2 Bydgoskie Przedmieście - Dworzec Mokre, linia nr 3 Plac Teatralny - Chełmińskie Przedmieście. Wraz z odbudową zniszczonego mostu drogowego przewidziano odbudowę linii tramwajowej do Dworca Toruń Główny. Otwarcie ruchu nastąpiło 1 października 1950 roku. W 1954 roku zlikwidowano przy Dworcu Głównym mijankę, a wybudowano pętlę jednotorową. W latach 1945-1946 tabor liczył 16 wozów silnikowych i 14 doczepnych. Liczba ta w kolejnych latach wzrosła poprzez sprowadzanie taboru z innych miast.

Przejazd tramwajów w kierunku na osiedle Mokre przez Rynek Staromiejski zlikwidowano w 1955 roku, a ruch odbywał się bezpośrednio z placu Rapackiego przez aleję 700-lecia i plac Armii Czerwonej (obecnie plac Teatralny). W tym samym czasie przedłużono linię do Dworca Toruń Północ, a rok później linię od ulicy Targowej do końca zabudowań Gazowni. Należy wspomnieć, że na ulicach miasta pojawiły się wówczas pierwsze wozy typu 2N. Kolejna rozbudowa trakcji nastąpiła w 1958 roku, kiedy linię łączącą Toruń Główny z Dworcem Toruń Północ wydłużono o dalszy kilometr do ulicy Lisiej. W ten sposób osiedle Wrzosy uzyskało regularne połączenie tramwajowe z miastem.

W latach 60. następuje dalsza stopniowa rozbudowa tras tramwajowych. W 1964 roku dokonano istotnych zmian w układzie torowym na Bydgoskim Przedmieściu. Zlikwidowany został pojedynczy tor na ulicy Mickiewicza, a w zamian wybudowano torowisko podwójne na wydzielonym pasie ulicy Broniewskiego. W tym samym czasie dokonano generalnej przebudowy torowiska wzdłuż ulicy Bydgoskiej. Tory przeniesiono na pobocze, oddzielając je w ten sposób od ruchu ulicznego. W związku z powstaniem dużych zakładów pracy - Merinotexu i Elany - zlokalizowanych w zachodniej i wschodniej części miasta, wzrosło zapotrzebowanie na przewozy w te rejony. W 1969 roku rozpoczęto więc budowę dwutorowej linii wzdłuż ulicy Broniewskiego i Szosy Bydgoskiej do "Merinotexu". Rok później zlikwidowano przejazd tramwajów linii nr 1 przez Śródmieście, co było możliwe dzięki wybudowaniu tzw. małej obwodnicy staromiejskiej. Tym samym tramwaje zniknęły z okolic Starówki. Trasę do Merinotexu uruchomiono w 1972 roku. Po jej ukończeniu przystąpiono do montażu torów na trasie do Elany. W tym samym roku zawieszono komunikację tramwajową na odcinku Dworzec Toruń Północny – Wrzosy. Dwa lata później pierwsze tramwaje dojechały do Elany, a na ulicach miasta pojawiły się nowe wozy przegubowe typu 803N.

Mimo że w tym okresie tramwaje były stopniowo wypierane przez autobusy, podjęto decyzję o dalszej rozbudowie trakcji szynowej. Pierwszą inwestycją było wybudowanie nowej dwutorowej trasy do Dworca Wschodniego i połączenie jej z linią do Elany. Nowe torowisko miało prowadzić od ulicy Uniwersyteckiej, trasą W-Z, ulicami Przy Kaszowniku, Warneńczyka, Kościuszki, nowym wiaduktem przez plac Fryderyka Skarbka i dalej ulicą Skłodowskiej-Curie do pętli na ulicy Wschodniej. Odcinki trasy otwierano stopniowo. W dwa lata od rozpoczęcia budowy, w lipcu 1980 roku, gotowa była cała trasa. W tym samym roku Toruń otrzymuje pierwsze tramwaje typu 805 Na.

Kolejne zmiany nastąpiły w 1981 roku, kiedy osiedle Na Skarpie otrzymało komunikację tramwajową. Trzy lata później, w sierpniu 1984 roku, zawieszona zostaje linia przez most drogowy od placu Rapackiego do Dworca Głównego. W ostatnim dniu 1986 r. została uruchomiona trasa do pętli przy ulicy Olimpijskiej, gdzie skierowano linię nr 1. W następnym roku oddany został do eksploatacji nowy odcinek prowadzący trasą W-Z od ulicy Sienkiewicza przez ulice Kraszewskiego, Czerwoną Drogę, Odrodzenia do ulicy Przy Kaszowniku. W 1988 roku została zlikwidowana pętla przy ulicy Ślaskiego, a linię skierowano na pętlę przy ulicy Olimpijskiej. Trzy lata później, 16 lipca 1991 roku, zawieszono kursowanie ostatniej jednotorowej linii do Dworca Północnego.

Od 1997 roku w warsztatach tramwajowych Miejskiego Zakładu Komunikacji przeprowadzana była modernizacja w ramach napraw głównych taboru tramwajowego, ukierunkowana na poprawę: - komfortu jazdy pasażera - bezpieczeństwa eksploatacji - warunków pracy motorniczego - oszczędności energii elektrycznej

W 2007 roku zaczęto przebudowę wagonów tramwajowych typu 805Na. Wagony zyskały zupełnie nowy wygląd zewnętrzny. Wymieniono też wszystkie istniejące elementy wyposażenia, jak również zainstalowano nowe: monitoring, diodowe tablice informacyjne i automat do sprzedaży biletów.

Szczególnie dynamiczny rozwój sieci tramwajowej nastąpił wraz z wejściem Polski do Unii Europejskiej i możliwością skorzystania z unijnych funduszy. W lutym 2014 r., w ramach projektu „Rozwój sieci komunikacji tramwajowej w Toruniu w latach 2007-2013”rozpoczęto montaż pierwszych słupów dla elektronicznych tablic świetlnych systemu informacji pasażerskiej. Tablice, na podstawie aktualnej pozycji wozów, ustalonej urządzeniami GPS, informują o rzeczywistym czasie przybycia pojazdu na przystanek. W pierwszym etapie zainstalowano 67 tablic na 44 przystankach tramwajowych, oraz 8 tablic o odjazdach autobusów z dworca Toruń Główny. System umożliwia również uzyskanie informacji dźwiękowej przez osoby niedowidzące. W 2014 r. zakończono modernizację wyeksploatowanych wagonów tramwajowych typu 805Na. Prace realizowano we własnych warsztatach w latach 2007-2011 oraz 2013-2014. Przebudowie poddano łącznie 18 wagonów typu 805Na. Zastosowano dla nich nową formę ścian przednich i tylnych ( z tworzyw sztucznych) oraz zainstalowano opływowe, zintegrowane z kabiną lustra wsteczne. Wozy wyposażono w jednoramienne odbieraki prądu oraz aparaturę elektryczną nowego typu, wymagającą mniejszej pracochłonnej obsługi. Uzyskano obniżenie poziomu hałasu pojazdów w ruchu. Poprawiono przyczepność w czasie ruszania i hamowania. We wnętrzach zmieniono układ i rodzaj siedzeń na tapicerowane. Ściany od środka wyłożono prasowanymi płytami laminowanymi, a podłogę wykładziną antypoślizgową. Zastosowano równomierne oświetlenie. Wprowadzono nowy system informacji pasażerskiej w technologii LED oraz wizyjny monitoring przedziału pasażerskiego. Klimatyzowane kabiny motorniczego wyposażono w nowy pulpit. Z kolei w wagonach doczepnych (także silnikowych) kabiny zlikwidowano, powiększając w ten sposób przestrzeń dla pasażerów.

W 2014 r. na toruńskich torach pojawił się pierwszy tramwaj produkcji Bydgoskiej Fabryki Pojazdów Szynowych PESA. W ramach projektu Bit-City w latach 2013-2015 przebudowano przystanek oraz zbudowano kładkę przy Dworcu Miasto. W 2015 r., przystanki tramwajowe przy pl. Św. Katarzyny zostały przebudowane na tzw. typ wiedeński. Odcinek jezdni w obrębie przystanku podniesiono do poziomu chodnika. Rozwiązanie to służy poprawie bezpieczeństwa pasażerów, ułatwia wsiadanie z tramwaju, które odbywa się z jezdni, zarazem spowalnia odbywający się po niej ruch samochodowy. Wśród zadań projektu Bit-City uwzględniono zakup niskopodłogowego taboru tramwajowego. Zestawy wagonowe pięcioczłonowe w dwóch odmianach (typ 122NbT i 122NbT Duo) oraz trójczłonowe (typ 121NbT) dostarczyła fabryka Pojazdy Szynowe Pesa Bydgoszcz. Są to pojazdy nowoczesne, dostosowane do wymagań osób niepełnosprawnych, wyposażone w klimatyzację, łącze Wi-Fi, automat do sprzedaży biletów. W latach 2014-2017 na toruńskich torach pojawiło łącznie 17 Swingów. 18 stycznia 2020 r., w setną rocznicę powrotu Torunia do wolnej Polski siedmiu tramwajom Swing nadano imiona wybitnych twórców toruńskiej niepodległości. Kolejnych pięć nowoczesnych Swingów trafiło do Torunia na przełomie 2021 i 2022 r. w ramach projektu „Bit-City II”. Wszystkie nienazwane dotąd tramwaje z bydgoskiej Pesy w 2022 r. otrzymały swoje imiona. Ich patronami są zasłużeni torunianie. Po Toruniu jeździ więc m.in. tramwaj Mikołaj Kopernik, gen. Elżbieta Zawacka, Grzegorz Ciechowski i Tony Halik.

Zakup nowych tramwajów pozwala na stopniowe wycofywanie z użytku pojazdów starszego typu. Jeden z Konstali 805 Na zakończył swoją służbę dla MZK w szczególny sposób. Zakupiło go Centrum Nurkowe Piechcin i 26 lipca 2022 r. zatopiło pojazd w sztucznym zbiorniku, służącym do ćwiczeń miłośnikom podwodnych przeżyć. Zatopienie tramwaju odbyło się pod hasłem „Emeryt dał nura”.

Najważniejszym zadaniem w ramach projektu BiT-City II, była przede wszystkim możliwość zrealizowania olbrzymiej inwestycji - budowy nowej linii tramwajowej z centrum Torunia do ul. Heweliusza w północnej części miasta, gdzie powstało duże, stale rozwijające się osiedle. Nowa trasa to: ponad 6,3 km nowego torowiska, 24 nowe przystanki, w tym 14 zielonych, a także nowe ścieżki rowerowe, przebudowane jezdnie i chodniki oraz łąki kwietne i nasadzenia drzew i krzewów. Linia uroczyście otwarta została 25 sierpnia 2023 r. W sali CKK Jordanki odbyła się uroczysta konferencja podsumowująca projekt, a następnie przystrojone świątecznie tramwaje przy dźwiękach orkiestry ruszyły z al. Solidarności nową trasą. Na ul. Grasera, przy Przedszkolu Miejskim nr 18 odbył się piknik dla mieszkańców. 10 wiat na nowej trasie (7 przystanków) to Przystanki Dobrej Energii, zaaranżowane przez toruńskich artystów, by wprawić pasażerów w dobry nastrój.

W ramach pozostałych zadań tego samego projektu przeprowadzono również modernizacje istniejących torowisk wraz z siecią trakcyjną: w ul. Bydgoskiej, na trasie linii nr 1 i 5 od Pl. Daszyńskiego do ul. Ślaskiego, na trasie linii nr 2 od Placu Niepodległości do ul. Reja oraz od pl. Bp. Jana Chrapka do ul. Podgórnej.

Długość tras tramwajowych po otwarciu nowej linii tramwajowej zwiększyła się o 25% i wynosi 59,159 km toru pojedynczego. MZK posiada obecnie 64 tramwaje, w tym 22 niskopodłogowe Pesy i 42 Konstale 805 Na. 18 Konstali jest po modernizacji. Dodatkowo w taborze znajduje się 1 wagon turystyczny, który jest atrakcją dla mieszkańców i gości odwiedzających Toruń. Wykonany został w 1993 r. przez pracowników zakładu.